[ ソース: ska ]
パッケージ: ska (1.0+dfsg-4)
Split Kmer Analysis
SKA (Split Kmer Analysis) is a toolkit for prokaryotic (and any other small, haploid) DNA sequence analysis using split kmers. A split kmer is a pair of kmers in a DNA sequence that are separated by a single base. Split kmers allow rapid comparison and alignment of small genomes, and is particulalry suited for surveillance or outbreak investigation. SKA can produce split kmer files from fasta format assemblies or directly from fastq format read sequences, cluster them, align them with or without a reference sequence and provide various comparison and summary statistics. Currently all testing has been carried out on high-quality Illumina read data, so results for other platforms may vary.
その他の ska 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4 以外]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, mips64el, ppc64, riscv64, sh4, sparc64, x32]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]
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- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
ska のダウンロード
| アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 133.7 kB | 543.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 143.9 kB | 451.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 121.9 kB | 415.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 119.9 kB | 394.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 124.9 kB | 314.0 kB | [ファイル一覧] |
| hppa (非公式の移植版) | 138.9 kB | 436.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 149.6 kB | 482.0 kB | [ファイル一覧] |
| ia64 (非公式の移植版) | 175.0 kB | 846.0 kB | [ファイル一覧] |
| m68k (非公式の移植版) | 117.8 kB | 422.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 125.3 kB | 514.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 138.2 kB | 545.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 138.4 kB | 543.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 140.4 kB | 363.0 kB | [ファイル一覧] |
| s390x | 142.4 kB | 463.0 kB | [ファイル一覧] |
| sh4 (非公式の移植版) | 148.8 kB | 414.0 kB | [ファイル一覧] |
| sparc64 (非公式の移植版) | 118.6 kB | 1,122.0 kB | [ファイル一覧] |
| x32 (非公式の移植版) | 138.5 kB | 426.0 kB | [ファイル一覧] |