Paket: bali-phy (4.0~beta13+dfsg-1)

[ Källkod: bali-phy  ]

Experimentellt paket

Varning: Paketet är från den experimentella utgåvan. Det innebär att det med stor sannolikhet är instabilt eller innehåller fel, och kanske till och med kan orsaka dataförluster. Se till att läsa ändringsloggen och annan dokumentation innan du använder det.

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Andra paket besläktade med bali-phy

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0)

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-json1.83.0 (>= 1.83.0)

  C++ containers and algorithms that implement JSON

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  program options library for C++

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0)

  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  Cairo 2D vector graphics library

• dep: libfmt9 (>= 9.1.0+ds1)

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 7)

  GCC stödbibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  GNU R statistical computation and graphics system

• sug: figtree

  graphical phylogenetic tree viewer

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Hämta bali-phy

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
i386	8.191,7 kbyte	45.415,0 kbyte	[filförteckning]