Пакет: bali-phy (4.0~beta13+dfsg-1)

[ Источник: bali-phy  ]

Экспериментальный пакет

Предупреждение: данный пакет находится в экспериментальной ветке дистрибутива. Это означает, что он нестабилен или содержит ошибки, и даже может вызвать потерю данных. Перед использованием внимательно прочитайте файл changelog и другую доступную документацию.

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Другие пакеты, относящиеся к bali-phy

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0)

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-json1.83.0 (>= 1.83.0)

  C++ containers and algorithms that implement JSON

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  program options library for C++

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0)

  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.38)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  библиотека для двухмерной векторной графики Cairo

• dep: libfmt9 (>= 9.1.0+ds1)

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 7)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• rec: gnuplot

  утилита для построения графиков с интерфейсом командной строки
  также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  система статистических расчетов и построения графиков GNU R

• sug: figtree

  graphical phylogenetic tree viewer

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Загрузка bali-phy

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
i386	8 191,7 Кб	45 415,0 Кб	[список файлов]