Balík: bali-phy (4.0~beta13+dfsg-1)

[ Zdroj: bali-phy  ]

Experimentálny balík

Upozornenie: Tento balík pochádza z distribúcie experimental. To znamená, že je pravdepodobne nestabilný alebo môže dokonca spôsobiť stratu údajov. Predtým, než ho začnete používať sa prosím pozrite do záznamu zmien a ďalšej možnej dokumentácie.

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom bali-phy

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0)

  reprezentácia doby trvania, časového bodu a hodín v C++

• dep: libboost-json1.83.0 (>= 1.83.0)

  C++ containers and algorithms that implement JSON

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  knižnica volieb programu pre C++

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0)

  knižnica Boost náhodných čísel

• dep: libc6 (>= 2.38)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  2D vektorová grafická knižnica Cairo

• dep: libfmt9 (>= 9.1.0+ds1)

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 7)

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: gnuplot

  program na interaktívne kreslenie riadený z príkazového riadka
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  GNU R statistical computation and graphics system

• sug: figtree

  graphical phylogenetic tree viewer

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Stiahnuť bali-phy

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
i386	8,191.7 kB	45,415.0 kB	[zoznam súborov]