Пакет: libtfbs-perl (0.7.1+ds-4 и другие)

[ Источник: libtfbs-perl  ]

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

Теги: Разработка программного обеспечения: Разработка на Perl, Библиотеки, Область: field::biology, field::biology:bioinformatics, Реализовано на: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Роль: Библиотека разработчика, Программа

Другие пакеты, относящиеся к libtfbs-perl

• dep: bioperl

  Perl tools for computational molecular biology

• dep: libc6 (>= 2.38)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl-интерфейс к базам данных (DBI)

• dep: libwww-perl

  простой и надёжный интерфейс для Всемирной паутины

• dep: pdl (>= 1:2.093-1+b1)

  perl data language: Perl extensions for numerics

• dep: pdlapi-20

  виртуальный пакет, предоставляемый pdl

• dep: perl (>= 5.40.0-6)

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: perlapi-5.40.0

  виртуальный пакет, предоставляемый perl-base

• rec: libgd-gd2-perl

  виртуальный пакет, предоставляемый libgd-perl

  или libgd-gd2-noxpm-perl

  виртуальный пакет, предоставляемый libgd-perl

Загрузка libtfbs-perl

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	0.7.1+ds-4+b1	216,4 Кб	981,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.7.1+ds-4+b1	216,7 Кб	1 029,0 Кб	[список файлов]
armel	0.7.1+ds-4+b1	217,6 Кб	981,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.7.1+ds-4+b1	215,8 Кб	977,0 Кб	[список файлов]
i386	0.7.1+ds-4+b1	217,0 Кб	981,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.7.1+ds-4+b1	216,5 Кб	1 030,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.7.1+ds-4+b1	217,3 Кб	1 029,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.7.1+ds-4+b1	216,6 Кб	977,0 Кб	[список файлов]
s390x	0.7.1+ds-4+b1	216,5 Кб	981,0 Кб	[список файлов]