Пакет: arden (1.0-4)

[ Источник: arden  ]

specificity control for read alignments using an artificial reference

ARDEN (Artificial Reference Driven Estimation of false positives in NGS data) is a novel benchmark that estimates error rates based on real experimental reads and an additionally generated artificial reference genome. It allows the computation of error rates specifically for a dataset and the construction of a ROC-curve. Thereby, it can be used to optimize parameters for read mappers, to select read mappers for a specific problem or also to filter alignments based on quality estimation.

Другие пакеты, относящиеся к arden

• dep: python

  интерактивный объектно-ориентированный язык высокого уровня (ветка 2.x)

• dep: python-htseq

  Python high-throughput genome sequencing read analysis utilities
  также виртуальный пакет, предоставляемый python3-htseq

• dep: python-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab

• dep: python-numpy

  быстрые методы работы с числовыми массивами – модуль для языка Python

• dep: python-scipy

  scientific tools for Python

Загрузка arden

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
all	86,7 Кб	1 155,0 Кб	[список файлов]