Paquet : arden (1.0-4)

[ Paquet source : arden  ]

contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle

ARDEN (estimation de faux positifs dans des données NGS déterminée par référence artificielle) est un étalonnage novateur qui estime les taux d'erreur basés sur des lectures expérimentales réelles et un génome de référence artificiel généré en supplément. Il permet le calcul de taux d'erreur spécifiquement pour un ensemble de données et la construction d'une courbe ROC. Toutefois, il peut être utilisé pour optimiser des paramètres pour des mappeurs de lecture, pour sélectionner des mappeurs de lecture pour un problème spécifique mais aussi pour filtrer des alignements basés sur une estimation de qualité.

Autres paquets associés à arden

• dep: python

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)

• dep: python-htseq

  Python high-throughput genome sequencing read analysis utilities
  un paquet virtuel est également fourni par python3-htseq

• dep: python-matplotlib

  système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab

• dep: python-numpy

  gestion rapide des tableaux avec Python

• dep: python-scipy

  outils scientifiques pour Python

Télécharger arden

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	86,7 ko	1 155,0 ko	[liste des fichiers]