Pakiet: arden (1.0-4)

[ Pakiet źródłowy: arden  ]

specificity control for read alignments using an artificial reference

ARDEN (Artificial Reference Driven Estimation of false positives in NGS data) is a novel benchmark that estimates error rates based on real experimental reads and an additionally generated artificial reference genome. It allows the computation of error rates specifically for a dataset and the construction of a ROC-curve. Thereby, it can be used to optimize parameters for read mappers, to select read mappers for a specific problem or also to filter alignments based on quality estimation.

Inne pakiety związane z arden

• dep: python

  Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

• dep: python-htseq

  Python high-throughput genome sequencing read analysis utilities
  również pakiet wirtualny udostępniany przez python3-htseq

• dep: python-matplotlib

  System do rysowania wykresów oparty na Pythonie w stylu podobnym do Matlaba

• dep: python-numpy

  Szybkie dodawanie obiektów tablicy, moduł do języka Python

• dep: python-scipy

  scientific tools for Python

Pobieranie arden

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	86,7 KiB	1 155,0 KiB	[lista plików]