Package: sim4 (0.0.20121010-8 and others)
Links for sim4
Debian Resources:
Download Source Package sim4:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [globin.bx.psu.edu]
Similar packages:
Instrumento para alinhar cDNA e DNA genómico
sim4 é um instrumento baseado em similaridades para alinhar uma sequência de DNA expressa (EST, cDNA, mRNA), com uma sequência genómica para o gene. Além disso, detecta correspondências finais quando as duas sequências inseridas se sobrepõem em um final (ou seja, o início de uma sequência sobrepõe o final de outra).
sim4 emprega uma técnica baseada no BLAST para determinar a correspondência básica de blocos que representam os "núcleos exon". Nesta primeira fase, ele detecta todos as eventuais correspondências exactas de W-mers (ou seja, palavras de DNA de tamanho W) entre as duas sequências e estende-as até à pontuação máxima de segmentos livres de lacunas. Na segunda etapa, os núcleos exon são estendidos para fragmentos adjacentes ainda não igualados usando algoritmos de alinhamento ganânciosos, e são usadas heurísticas para favorecer configurações que estejam em conformidade com o reconhecimento sinais 'splice-site' (GT-AG,CT-AC). Se necessário, o processo é repetido com parâmetros menos rigorosos sobre os fragmentos inigualáveis.
Other Packages Related to sim4
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29) [not riscv64]
- Biblioteca GNU C: Bibliotecas partilhadas
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]
Download sim4
Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|---|
amd64 | 0.0.20121010-8 | 350.8 kB | 1,371.0 kB | [list of files] |
arm64 | 0.0.20121010-8 | 346.8 kB | 1,363.0 kB | [list of files] |
armel | 0.0.20121010-8 | 346.0 kB | 1,362.0 kB | [list of files] |
armhf | 0.0.20121010-8 | 344.3 kB | 1,334.0 kB | [list of files] |
i386 | 0.0.20121010-8 | 353.0 kB | 1,378.0 kB | [list of files] |
mips64el | 0.0.20121010-8 | 350.1 kB | 1,379.0 kB | [list of files] |
ppc64el | 0.0.20121010-8 | 356.3 kB | 1,407.0 kB | [list of files] |
riscv64 | 0.0.20121010-8+b1 | 352.4 kB | 1,355.0 kB | [list of files] |
s390x | 0.0.20121010-8 | 349.9 kB | 1,375.0 kB | [list of files] |