Paketti: sim4 (0.0.20121010-8 ja muut)
Links for sim4
Debian-palvelut:
Imuroi lähdekoodipaketti sim4:
Ylläpitäjät:
External Resources:
- Kotisivu [globin.bx.psu.edu]
Samankaltaisia paketteja:
Työkalu cDNA:n ja genomisen DNA:n rinnastamiseen
sim4 on samankaltaisuuteen perustuva työkalu esitetyn DNA-jakson (EST, cDNA, mRNA) rinnastamiseen geenissä genomisen jakson kanssa. Se myös havaitsee päiden vastaavuudet silloin kun kaksi syötettyä jaksoa menevät päällekkäin yhdessä päässä (esim. yhden jakson alku menee päällekkäin toisen jakson lopun kanssa).
sim4 käyttää räjähdysperusteista tekniikkaa selvittääkseen ensin yksinkertaiset yhteensopivat kappaleet jotka kuvaavat "eksonin ytimiä". Tässä ensimmäisessä vaiheessa se havaitsee kaikki mahdolliset tarkat W-mers (esim. DNA tieto koosta W) yhteensopivuudet kahden jakson välillä ja laajentaa ne mahdollisimman yhteensopiviin aukottomiin osiin. Toisessa vaiheessa eksonin ytimet laajennetaan rinnakkaisiin, mutta vielä sopimattomiin kappaleisiin käyttäen ahnasta algoritmien tasaamista. Heuristiikkaa käytetään suosimaan rakenteita jotka noudattavat liitospaikan tunnistussignaaleja (GT-AG, CT-AC). Jos on tarpeellista, prosessi toistetaan lievemmillä sopimattomien kappaleiden parametreilla.
Muut pakettiin sim4 liittyvät paketit
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29) [ei riscv64]
- GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]
Imuroi sim4
Arkkitehtuuri | Versio | Paketin koko | Koko asennettuna | Tiedostot |
---|---|---|---|---|
amd64 | 0.0.20121010-8 | 350.8 kt | 1,371.0 kt | [tiedostoluettelo] |
arm64 | 0.0.20121010-8 | 346.8 kt | 1,363.0 kt | [tiedostoluettelo] |
armel | 0.0.20121010-8 | 346.0 kt | 1,362.0 kt | [tiedostoluettelo] |
armhf | 0.0.20121010-8 | 344.3 kt | 1,334.0 kt | [tiedostoluettelo] |
i386 | 0.0.20121010-8 | 353.0 kt | 1,378.0 kt | [tiedostoluettelo] |
mips64el | 0.0.20121010-8 | 350.1 kt | 1,379.0 kt | [tiedostoluettelo] |
ppc64el | 0.0.20121010-8 | 356.3 kt | 1,407.0 kt | [tiedostoluettelo] |
riscv64 | 0.0.20121010-8+b1 | 352.4 kt | 1,355.0 kt | [tiedostoluettelo] |
s390x | 0.0.20121010-8 | 349.9 kt | 1,375.0 kt | [tiedostoluettelo] |