Package: boxshade (3.3.1-14 and others)

[ Source: boxshade  ]

Impressão bonita de múltiplos alinhamentos de sequências

Boxshade é um programa para criar impressões bonitas a partir de multi alinhamentos de proteínas de sequências DNA. O programa não executa o próprio alinhamento e necessita de ler um ficheiro que foi criado por um programa de alinhamentos múltiplos ou editado manualmente com as respectivas ferramentas.

Boxshade lê múltiplos alinhamentos de sequências de ficheiros PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED-data e ESEE-save (limitado a um máximo de 150 sequências com até 10000 elementos cada). Vários tipos de shading pode ser aplicados a resíduos idênticos/semelhantes. Os resultados são postos no écran ou num ficheiro com os seguintes formatos: ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT, HTML

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: scope::utility, use::typesetting, Supports Format: works-with-format::html, works-with-format::plaintext, works-with-format::postscript, works-with-format::tex, Works with: Need an extra tag, Text

Other Packages Related to boxshade

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Biblioteca GNU C: Bibliotecas partilhadas
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [not amd64, arm64, ppc64el, riscv64]

• sug: kalign

  Alinhamento de sequência múltipla global e progressivo

  or clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

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  Programa de múltiplos alinhamentos para amino ácidos ou sequências nucleotídeas

  or hmmer

  Modelos Markov de perfil escondido para análises de sequências de proteínas

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  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

• sug: texlive-latex-extra

  TeX Live: LaTeX additional packages

• sug: xfig

  Facility for Interactive Generation of figures under X11

Download boxshade

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	3.3.1-14	54.5 kB	161.0 kB	[list of files]
arm64	3.3.1-14+b1	50.4 kB	192.0 kB	[list of files]
armel	3.3.1-14	54.6 kB	163.0 kB	[list of files]
armhf	3.3.1-14	52.9 kB	135.0 kB	[list of files]
i386	3.3.1-14	56.0 kB	176.0 kB	[list of files]
mips64el	3.3.1-14	53.3 kB	187.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.3.1-14	56.4 kB	193.0 kB	[list of files]
riscv64	3.3.1-14+b2	52.7 kB	152.0 kB	[list of files]
s390x	3.3.1-14	52.9 kB	168.0 kB	[list of files]