Pacote: boxshade (3.3.1-14 e outros)

[ Fonte: boxshade  ]

embelezador de impressão de alinhamentos de seqüência múltipla

Boxshade é um programa para criar saídas de impressão de boa aparência a partir de seqüências de proteínas múltiplas alinhadas ou DNA. O programa não executa o alinhamento sozinho e requer como entrada um arquivo que tenha sido criado por um programa de alinhamento múltiplo ou editado manualmente com as respectivas ferramentas.

Boxshade lê seqüências múltiplas alinhadas a partir de arquivos PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED-data e ESEE-save (limitado a um máximo de 150 seqüências com até 10000 elementos cada). Vários tipos de sombreados podem ser aplicados a resíduos idênticos/similares. A saída é escrita na tela ou em um arquivo nos seguintes formatos: ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT, HTML

Etiquetas: Biologia: Clustal/ALN, Proteínas, Campo: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementado em: implemented-in::c, interface::commandline, Função: Programa, Alcance: scope::utility, use::typesetting, Suporta o formato: works-with-format::html, works-with-format::plaintext, works-with-format::postscript, works-with-format::tex, Funciona com: Precisa de uma etiqueta extra, Texto

Outros pacotes relacionados a boxshade

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [não amd64, arm64, ppc64el, riscv64]

• sug: kalign

  Global and progressive multiple sequence alignment

  ou clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

  ou mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

  ou hmmer

  perfis "hidden Markov models" para análise de seqüência de proteína

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

• sug: texlive-latex-extra

  TeX Live: LaTeX additional packages

• sug: xfig

  Ferramenta para Geração Interativa de figuras no X11

Download de boxshade

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	3.3.1-14	54.5 kB	161.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	3.3.1-14+b1	50.4 kB	192.0 kB	[lista de arquivos]
armel	3.3.1-14	54.6 kB	163.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	3.3.1-14	52.9 kB	135.0 kB	[lista de arquivos]
i386	3.3.1-14	56.0 kB	176.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	3.3.1-14	53.3 kB	187.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	3.3.1-14	56.4 kB	193.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	3.3.1-14+b2	52.7 kB	152.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	3.3.1-14	52.9 kB	168.0 kB	[lista de arquivos]