Pacote: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2 e outros)

[ Fonte: ngmlr  ]

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Outros pacotes relacionados a ngmlr

• dep: libc6 (>= 2.34) [não arm64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não armel, armhf, i386, riscv64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 11) [não arm64, riscv64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de ngmlr

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	673.7 kB	1,157.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b2	655.1 kB	1,173.0 kB	[lista de arquivos]
armel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	648.7 kB	1,172.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	649.2 kB	1,044.0 kB	[lista de arquivos]
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	680.7 kB	1,184.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	657.3 kB	1,260.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	677.5 kB	1,301.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	669.3 kB	1,077.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	655.1 kB	1,173.0 kB	[lista de arquivos]