toutes les options
bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ] [  experimental  ]
[ Paquet source : ngmlr  ]

Paquet : ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2 et autres)

Liens pour ngmlr

Screenshot

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source ngmlr :

Responsables :

Ressources externes :

Paquets similaires :

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Autres paquets associés à ngmlr

  • dépendances
  • recommandations
  • suggestions
  • enhances

Télécharger ngmlr

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture Version Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
amd64 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1 673,7 ko1 157,0 ko [liste des fichiers]
arm64 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b2 655,1 ko1 173,0 ko [liste des fichiers]
armel 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1 648,7 ko1 172,0 ko [liste des fichiers]
armhf 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1 649,2 ko1 044,0 ko [liste des fichiers]
i386 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1 680,7 ko1 184,0 ko [liste des fichiers]
mips64el 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1 657,3 ko1 260,0 ko [liste des fichiers]
ppc64el 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1 677,5 ko1 301,0 ko [liste des fichiers]
riscv64 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1 669,3 ko1 077,0 ko [liste des fichiers]
s390x 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1 655,1 ko1 173,0 ko [liste des fichiers]