Pakiet: kissplice (2.6.7-1)

[ Pakiet źródłowy: kissplice  ]

Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data

KisSplice is a piece of software that enables the analysis of RNA-seq data with or without a reference genome. It is an exact local transcriptome assembler that allows one to identify SNPs, indels and alternative splicing events. It can deal with an arbitrary number of biological conditions, and will quantify each variant in each condition. It has been tested on Illumina datasets of up to 1G reads. Its memory consumption is around 5Gb for 100M reads.

Inne pakiety związane z kissplice

• dep: bcalm

  Zagęszczanie de Bruijna przy małej ilości pamięci

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie riscv64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie kissplice

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	485,0 KiB	1 178,0 KiB	[lista plików]
arm64	469,8 KiB	1 370,0 KiB	[lista plików]
mips64el	486,1 KiB	1 466,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	486,5 KiB	1 434,0 KiB	[lista plików]
riscv64	480,3 KiB	1 002,0 KiB	[lista plików]