Pacote: sra-toolkit (3.2.1+dfsg-4 e outros)

[ Fonte: sra-sdk  ]

utilities for the NCBI Sequence Read Archive

Tools for reading the SRA archive, generally by converting individual runs into some commonly used format such as fastq.

The textual dumpers "sra-dump" and "vdb-dump" are provided in this release as an aid in visual inspection. It is likely that their actual output formatting will be changed in the near future to a stricter, more formalized representation[s]. PLEASE DO NOT RELY UPON THE OUTPUT FORMAT SEEN IN THIS RELEASE.

Other tools distributed in this package are:

 abi-dump, abi-load
 align-info
 bam-load
 cache-mgr
 cg-load
 copycat
 fasterq-dump
 fastq-dump, fastq-load
 helicos-load
 illumina-dump, illumina-load
 kar
 kdbmeta
 latf-load
 pacbio-load
 prefetch
 rcexplain
 remote-fuser
 sff-dump, sff-load
 sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath
 srf-load
 test-sra
 vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock,
 vdb-passwd, vdb-unlock, vdb-validate

The "help" information will be improved in near future releases, and the tool options will become standardized across the set. More documentation will also be provided documentation on the NCBI web site.

Tool options may change in the next release. Version 1 tool options will remain supported wherever possible in order to preserve operation of any existing scripts.

Outros pacotes relacionados a sra-toolkit

• dep: libabsl20240722 (>= 20240722.0-1) [não x32]

  extensions to the C++ standard library

• dep: libbz2-1.0

  bib. de alta qualid. de compactação de arqs. bas. em ordenação de blocos - exec

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [não x32]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64]

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [não x32]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libmagic1t64 (>= 5.12) [não x32]

  Reconhece o tipo de dado de um arquivo usando números "mákgicos" - biblioteca

• dep: libncbi-vdb3 (>= 3.2.1+dfsg) [não x32]

  libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives

• dep: libncbi-wvdb3 (>= 3.2.1+dfsg) [não x32]

  virtual layer update module of ncbi-vdb library

• dep: libre2-11-absl20240722 [não x32]

  pacote virtual fornecido por libre2-11

• dep: libstdc++6 (>= 14) [não x32]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: libxml2 (>= 2.6.27) [x32]

  biblioteca XML GNOME

  dep: libxml2 (>= 2.7.4) [não x32]

• dep: sra-toolkit-libs0 [x32]

  Libraries for the SRA Toolkit

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [x32]

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.2) [não x32]

• rec: med-config

  Debian Med general config package

Download de sra-toolkit

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	3.2.1+dfsg-4	7,062.7 kB	20,156.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	3.2.1+dfsg-4	6,831.9 kB	22,069.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	2.3.5-2+dfsg-1	891.0 kB	4,605.0 kB	[lista de arquivos]