Package: sra-toolkit (3.2.1+dfsg-3 and others)

[ Source: sra-sdk  ]

utilità per Sequence Read Archive di NCBI

Strumenti per leggere l'archivio SRA, generalmente convertendo singole corse in alcuni formati comunemente usati come fastq.

In questo rilascio sono forniti gli strumenti per dump testuali "sra-dump" e "vbd-dump", per aiutare nell'ispezione a vista. È probabile che l'effettiva formattazione del loro output venga in futuro modificata in una rappresentazione più stringente e formalizzata. NON FARE AFFIDAMENTO SUL FORMATO DI OUTPUT VISTO IN QUESTO RILASCIO.

Altri strumenti distribuiti in questo pacchetto:

 abi-dump, abi-load
 align-info
 bam-load
 cache-mgr
 cg-load
 copycat
 fasterq-dump
 fastq-dump, fastq-load
 helicos-load
 illumina-dump, illumina-load
 kar
 kdbmeta
 latf-load
 pacbio-load
 prefetch
 rcexplain
 remote-fuser
 sff-dump, sff-load
 sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath
 srf-load
 test-sra
 vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock,
 vdb-passwd, vdb-unlock, vdb-validate

Le informazioni dell'"Aiuto" verranno migliorate nei prossimi rilasci e le opzioni per gli strumenti verranno standardizzate tra gli insiemi. Ulteriore documentazione verrà anche fornita sul sito web dell'NCBI.

Nel prossimo rilascio le opzioni per gli strumenti potrebbero essere modificate. La versione 1 delle opzioni per gli strumenti continuerà ad essere gestita ovunque sia possibile, per preservare il funzionamento degli script esistenti.

Other Packages Related to sra-toolkit

• dep: libabsl20240722 (>= 20240722.0-1) [not x32]

  estensioni alla libreria standard C++

• dep: libbz2-1.0

  libreria compressione file a ordinamento blocchi di alta qualità - runtime

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not x32]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64]

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [not x32]

  file runtime C di HDF5 - versione seriale

• dep: libmagic1t64 (>= 5.12) [not x32]

  riconosce il tipo di dati in un file usando numeri "magici" - libreria

• dep: libncbi-vdb3 (>= 3.2.1+dfsg) [not x32]

  librerie per usare dati in archivi di letture di sequenze INSDC

• dep: libncbi-wvdb3 (>= 3.2.1+dfsg) [not x32]

  modulo di aggiornamento dei livelli virtuali della libreria ncbi-vdb

• dep: libre2-11-absl20240722 [not x32]

  virtual package provided by libre2-11

• dep: libstdc++6 (>= 14) [not x32]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: libxml2 (>= 2.6.27) [x32]

  libreria XML di GNOME

  dep: libxml2 (>= 2.7.4) [not x32]

• dep: sra-toolkit-libs0 [x32]

  Libraries for the SRA Toolkit

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [x32]

  libreria di compressione - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.2) [not x32]

• rec: med-config

  pacchetto Debian Med di configurazione generale

Download sra-toolkit

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	3.2.1+dfsg-3	7,061.7 kB	20,156.0 kB	[list of files]
arm64	3.2.1+dfsg-3	6,831.9 kB	22,069.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.3.5-2+dfsg-1	891.0 kB	4,605.0 kB	[list of files]