Pacote: canu (2.2+dfsg-5)

[ Fonte: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Outros pacotes relacionados a canu

• dep: gnuplot-nox

  programa de traçado interativo de linha de comando. Sem o pacote do X
  também um pacote virtual fornecido por gnuplot-qt, gnuplot-x11

  ou gnuplot

  programa de plotagem interativo e de linha de comando
  também um pacote virtual fornecido por gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10)

  biblioteca de compressão/descompressão rápida

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

Download de canu

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Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
s390x	1,340.9 kB	13,853.0 kB	[lista de arquivos]