Paket: canu (2.2+dfsg-5)

[ Quellcode: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Andere Pakete mit Bezug zu canu

• dep: gnuplot-nox

  Kommandozeilengesteuertes, interaktives Plot-Programm - Paket ohne X
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch gnuplot-qt, gnuplot-x11

  oder gnuplot

  Kommandozeilengesteuertes, interaktives Plot-Programm
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Modul zur Gewinnung von Informationen zur Plattennutzung von Dateisystemen

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10)

  Schnelle Bibliothek zur Komprimierung/Dekomprimierung

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

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s390x	1.340,9 kB	13.853,0 kB	[Liste der Dateien]