Pacote: reapr (1.0.18+dfsg-7 e outros)

[ Fonte: reapr  ]

universal tool for genome assembly evaluation

REAPR is a tool that evaluates the accuracy of a genome assembly using mapped paired end reads, without the use of a reference genome for comparison. It can be used in any stage of an assembly pipeline to automatically break incorrect scaffolds and flag other errors in an assembly for manual inspection. It reports mis-assemblies and other warnings, and produces a new broken assembly based on the error calls.

The software requires as input an assembly in FASTA format and paired reads mapped to the assembly in a BAM file. Mapping information such as the fragment coverage and insert size distribution is analysed to locate mis-assemblies. REAPR works best using mapped read pairs from a large insert library (at least 1000bp). Additionally, if a short insert Illumina library is also available, REAPR can combine this with the large insert library in order to score each base of the assembly.

Etiquetas: Biologia: Ácidos nucleicos, Campo: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Interface de usuário(a): Linha de comando, Função: role::program, works-with::biological-sequence

Outros pacotes relacionados a reapr

• dep: bamtools

  toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [ia64]

  Pacote não disponível

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [não ia64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.38) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libfile-copy-link-perl

  Perl extension for replacing a link by a copy of the linked file

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [ia64]

  Pacote não disponível

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não ia64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [ia64]

• dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0) [ia64]

  wrapper C++ para indexador tabix

• dep: libtabixpp0t64 (>= 1.0.0) [não ia64]

  wrapper C++ para indexador tabix

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: r-base

  GNU R statistical computation and graphics system

• dep: samtools [não ia64]

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

  dep: samtools (>= 1.3) [ia64]

• dep: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• dep: snpomatic

  fast, stringent short-read mapping software

• dep: tabix

  indexador genérico para arquivos de posicionamento de genoma delimitados por TAB

Download de reapr

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1.0.18+dfsg-7	193.6 kB	1,547.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1.0.18+dfsg-7	209.9 kB	1,073.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.0.18+dfsg-7	178.9 kB	1,221.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1.0.18+dfsg-7	171.8 kB	1,207.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1.0.18+dfsg-7	174.4 kB	1,143.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1.0.18+dfsg-7	189.6 kB	868.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1.0.18+dfsg-7	212.8 kB	1,035.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1.0.18+dfsg-5	228.2 kB	1,747.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1.0.18+dfsg-7	190.4 kB	1,413.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	1.0.18+dfsg-7	186.6 kB	927.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.0.18+dfsg-7	193.0 kB	1,640.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1.0.18+dfsg-7	197.1 kB	1,669.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.0.18+dfsg-7	198.2 kB	1,669.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.0.18+dfsg-7	192.4 kB	753.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.0.18+dfsg-7	192.7 kB	993.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	1.0.18+dfsg-7	221.7 kB	1,271.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1.0.18+dfsg-7	182.9 kB	14,496.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1.0.18+dfsg-7	209.3 kB	999.0 kB	[lista de arquivos]