パッケージ: reapr (1.0.18+dfsg-7 など)

[ ソース: reapr  ]

universal tool for genome assembly evaluation

REAPR is a tool that evaluates the accuracy of a genome assembly using mapped paired end reads, without the use of a reference genome for comparison. It can be used in any stage of an assembly pipeline to automatically break incorrect scaffolds and flag other errors in an assembly for manual inspection. It reports mis-assemblies and other warnings, and produces a new broken assembly based on the error calls.

The software requires as input an assembly in FASTA format and paired reads mapped to the assembly in a BAM file. Mapping information such as the fragment coverage and insert size distribution is analysed to locate mis-assemblies. REAPR works best using mapped read pairs from a large insert library (at least 1000bp). Additionally, if a short insert Illumina library is also available, REAPR can combine this with the large insert library in order to score each base of the assembly.

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: role::program, works-with::biological-sequence

その他の reapr 関連パッケージ

• dep: bamtools

  BAM（ゲノムアラインメント）ファイルの操作用ツール

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [ia64]

  パッケージは利用できません

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [ia64 以外]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, ia64, loong64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libfile-copy-link-perl

  Perl extension for replacing a link by a copy of the linked file

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [ia64]

  パッケージは利用できません

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64 以外]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [ia64]

• dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0) [ia64]

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libtabixpp0t64 (>= 1.0.0) [ia64 以外]

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: r-base

  GNU R 統計計算・グラフィックスシステム

• dep: samtools [ia64 以外]

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

  dep: samtools (>= 1.3) [ia64]

• dep: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• dep: snpomatic

  fast, stringent short-read mapping software

• dep: tabix

  generic indexer for TAB-delimited genome position files

reapr のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.0.18+dfsg-7	193.6 kB	1,547.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.0.18+dfsg-7	209.9 kB	1,073.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.0.18+dfsg-7	178.9 kB	1,221.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.0.18+dfsg-7	171.8 kB	1,207.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.0.18+dfsg-7	174.4 kB	1,143.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	1.0.18+dfsg-7	189.6 kB	868.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.0.18+dfsg-7	212.8 kB	1,035.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.0.18+dfsg-5	228.2 kB	1,747.0 kB	[ファイル一覧]
loong64 (非公式の移植版)	1.0.18+dfsg-7	190.4 kB	1,413.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	1.0.18+dfsg-7	186.6 kB	927.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.0.18+dfsg-7	193.0 kB	1,640.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	1.0.18+dfsg-7	197.1 kB	1,669.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.0.18+dfsg-7	198.2 kB	1,669.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.0.18+dfsg-7	192.4 kB	753.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.0.18+dfsg-7	192.7 kB	993.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	1.0.18+dfsg-7	221.7 kB	1,271.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.0.18+dfsg-7	182.9 kB	14,496.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	1.0.18+dfsg-7	209.3 kB	999.0 kB	[ファイル一覧]