Pacote: fastml (3.11-4 e outros)
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Fontes externas:
- Pagina principal [fastml.tau.ac.il]
Pacotes similares:
maximum likelihood ancestral amino-acid sequence reconstruction
FastML is a bioinformatics tool for the reconstruction of ancestral sequences based on the phylogenetic relations between homologous sequences. FastML runs several algorithms that reconstruct the ancestral sequences with emphasis on an accurate reconstruction of both indels and characters. For character reconstruction the previously described FastML algorithms are used to efficiently infer the most likely ancestral sequences for each internal node of the tree. Both joint and the marginal reconstructions are provided. For indels reconstruction the sequences are first coded according to the indel events detected within the multiple sequence alignment (MSA) and then a state-of-the-art likelihood model is used to reconstruct ancestral indels states. The results are the most probable sequences, together with posterior probabilities for each character and indel at each sequence position for each internal node of the tree. FastML is generic and is applicable for any type of molecular sequences (nucleotide, protein, or codon sequences).
Outros pacotes relacionados a fastml
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- dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, arm64, ia64, loong64, sh4]
- GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]
- dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, s390x, x32]
- Biblioteca de suporte GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
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- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- Biblioteca de suporte GCC
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- Biblioteca de suporte GCC
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- Biblioteca C++ padrão da GNU v3
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- dep: libunwind8 [ia64]
- biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução
Download de fastml
| Arquitetura | Versão | Tamanho do pacote | Tamanho instalado | Arquivos |
|---|---|---|---|---|
| alpha (porte não oficial) | 3.11-4 | 811.5 kB | 3,999.0 kB | [lista de arquivos] |
| amd64 | 3.11-4 | 925.6 kB | 3,474.0 kB | [lista de arquivos] |
| arm64 | 3.11-4+b1 | 806.9 kB | 3,355.0 kB | [lista de arquivos] |
| armel | 3.11-4 | 771.6 kB | 3,195.0 kB | [lista de arquivos] |
| armhf | 3.11-4 | 769.9 kB | 2,187.0 kB | [lista de arquivos] |
| hppa (porte não oficial) | 3.11-4 | 818.6 kB | 3,237.0 kB | [lista de arquivos] |
| i386 | 3.11-4 | 939.9 kB | 3,547.0 kB | [lista de arquivos] |
| ia64 (porte não oficial) | 3.11-4 | 1,023.3 kB | 7,140.0 kB | [lista de arquivos] |
| loong64 (porte não oficial) | 3.11-4 | 845.7 kB | 3,471.0 kB | [lista de arquivos] |
| m68k (porte não oficial) | 3.11-4 | 833.8 kB | 3,359.0 kB | [lista de arquivos] |
| mips64el | 3.11-4 | 768.4 kB | 4,153.0 kB | [lista de arquivos] |
| ppc64 (porte não oficial) | 3.11-4 | 863.6 kB | 4,250.0 kB | [lista de arquivos] |
| ppc64el | 3.11-4 | 880.4 kB | 4,058.0 kB | [lista de arquivos] |
| riscv64 | 3.11-4 | 880.2 kB | 2,502.0 kB | [lista de arquivos] |
| s390x | 3.11-4 | 913.6 kB | 3,634.0 kB | [lista de arquivos] |
| sh4 (porte não oficial) | 3.11-4 | 1,026.7 kB | 3,163.0 kB | [lista de arquivos] |
| sparc64 (porte não oficial) | 3.11-4 | 700.2 kB | 5,156.0 kB | [lista de arquivos] |
| x32 (porte não oficial) | 3.11-4 | 931.8 kB | 3,327.0 kB | [lista de arquivos] |