Pakiet: tree-puzzle (5.3~rc16+dfsg-12 i inne)

[ Pakiet źródłowy: tree-puzzle  ]

Rekonstrukcja drzew filogenetycznych metodą maksymalnego prawdopodobieństwa

TREE-PUZZLE (nowa nazwa dla programu PUZZLE) to interaktywny program konsolowy, który implementuje algorytm (quartet puzzling) do szybkiego przeszukiwania drzew, umożliwiający analizę dużych zbiorów danych i automatycznie przypisujący estymacje wsparcia do każdej wewnętrznej gałęzi. TREE-PUZZLE oblicza również maksymalne prawdopodobieństwo oddalenia par oraz długości gałęzi dla drzew określonych przez użytkownika. Długość gałęzi można również obliczyć, przyjmując założenia zegara. Ponadto TREE-PUZZLE oferuje nowatorską metodę mapowania prawdopodobieństwa, która pozwala na zbadanie wsparcia hipotetycznej gałęzi wewnętrznej bez konieczności obliczania całego drzewa oraz na wizualizację zawartości filogenetycznej dopasowania sekwencji.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: Narzędzie, Przeznaczenie: use::analysing, use::comparing, Obsługa formatu: Czysty tekst, Działa z: Wymaga dodatkowego znacznika

Inne pakiety związane z tree-puzzle

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libsprng2

  SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package

• rec: tree-puzzle-doc

  Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood (doc)

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• sug: treetool

  Pakiet niedostępny

Pobieranie tree-puzzle

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	167,3 KiB	493,0 KiB	[lista plików]
amd64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	166,5 KiB	401,0 KiB	[lista plików]
arm64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	152,4 KiB	429,0 KiB	[lista plików]
armel	5.3~rc16+dfsg-12	161,4 KiB	411,0 KiB	[lista plików]
armhf	5.3~rc16+dfsg-12	151,9 KiB	303,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-12	158,2 KiB	400,0 KiB	[lista plików]
i386	5.3~rc16+dfsg-12	179,2 KiB	491,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	214,9 KiB	785,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-12	152,5 KiB	411,0 KiB	[lista plików]
mips64el	5.3~rc16+dfsg-12+b1	169,0 KiB	508,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	178,2 KiB	493,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	5.3~rc16+dfsg-12+b1	176,2 KiB	493,0 KiB	[lista plików]
riscv64	5.3~rc16+dfsg-12+b1	169,3 KiB	349,0 KiB	[lista plików]
s390x	5.3~rc16+dfsg-12+b1	177,3 KiB	440,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-12	178,5 KiB	364,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-12+b1	153,5 KiB	1 070,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	5.3~rc16+dfsg-12	162,7 KiB	383,0 KiB	[lista plików]