Pakiet: pscan-tfbs (1.2.2-4 i inne)

[ Pakiet źródłowy: pscan-tfbs  ]

search for transcription factor binding sites

Pscan finds Over-represented Transcription Factor Binding Site Motifs in Sequences from Co-Regulated or Co-Expressed Genes.

Pscan is a software tool that scans a set of sequences (e.g. promoters) from co-regulated or co-expressed genes with motifs describing the binding specificity of known transcription factors and assesses which motifs are significantly over- or under-represented, providing thus hints on which transcription factors could be common regulators of the genes studied, together with the location of their candidate binding sites in the sequences. Pscan does not resort to comparisons with orthologous sequences and experimental results show that it compares favorably to other tools for the same task in terms of false positive predictions and computation time. The website is free and open to all users and there is no login requirement.

Inne pakiety związane z pscan-tfbs

• dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [nie armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [nie ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

Pobieranie pscan-tfbs

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.2.2-4+b2	68,1 KiB	230,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.2.2-4+b3	75,3 KiB	209,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.2.2-4+b3	66,2 KiB	229,0 KiB	[lista plików]
armel	1.2.2-4+b3	65,0 KiB	172,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.2.2-4+b3	63,1 KiB	132,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.2.2-4+b2	72,0 KiB	178,0 KiB	[lista plików]
i386	1.2.2-4+b3	80,9 KiB	212,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.2.2-4+b1	95,6 KiB	361,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.2.2-4+b2	68,2 KiB	180,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.2.2-4+b3	69,6 KiB	234,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.2.2-4+b2	74,1 KiB	229,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.2.2-4+b3	75,0 KiB	229,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.2.2-4+b2	71,1 KiB	149,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.2.2-4+b3	75,9 KiB	201,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.2.2-4+b2	85,3 KiB	228,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.2.2-4+b2	63,6 KiB	1 064,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.2.2-4+b2	74,8 KiB	192,0 KiB	[lista plików]