Pakiet: unicycler (0.4.7+dfsg-2)

[ Pakiet źródłowy: unicycler  ]

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes

Unicycler is an assembly pipeline for bacterial genomes. It can assemble Illumina-only read sets where it functions as a SPAdes-optimiser. It can also assembly long-read-only sets (PacBio or Nanopore) where it runs a miniasm+Racon pipeline. For the best possible assemblies, give it both Illumina reads and long reads, and it will conduct a hybrid assembly.

Inne pakiety związane z unicycler

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: default-jre

  Standard Java or Java compatible Runtime

• dep: libc6 (>= 2.14)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

  dep: python3 (>= 3~)

• dep: python3-setuptools

  Python3 Distutils Enhancements

• dep: racon

  consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• dep: spades

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: unicycler-data

  hybrid assembly pipeline for bacterial genomes (data package)

Pobieranie unicycler

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	852,3 KiB	3 429,0 KiB	[lista plików]