Pakiet: bowtie2 (2.3.4.3-1)

[ Pakiet źródłowy: bowtie2  ]

ultrafast memory-efficient short read aligner

is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes.

Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index to keep its memory footprint small: for the human genome, its memory footprint is typically around 3.2 GB. Bowtie 2 supports gapped, local, and paired-end alignment modes

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, use::comparing, Działa z: Sekwencje biologiczne

Inne pakiety związane z bowtie2

• dep: libc6 (>= 2.14)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libtbb2

  parallelism library for C++ - runtime files

• dep: python

  Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• sug: bowtie2-examples

  Examples for bowtie2

Pobieranie bowtie2

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1 160,1 KiB	5 052,0 KiB	[lista plików]