Balík: unicycler (0.4.7+dfsg-2)

[ Zdroj: unicycler  ]

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes

Unicycler is an assembly pipeline for bacterial genomes. It can assemble Illumina-only read sets where it functions as a SPAdes-optimiser. It can also assembly long-read-only sets (PacBio or Nanopore) where it runs a miniasm+Racon pipeline. For the best possible assemblies, give it both Illumina reads and long reads, and it will conduct a hybrid assembly.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom unicycler

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: default-jre

  štandardné dynamické prostredie Java alebo kompatibilné s Javou

• dep: libc6 (>= 2.14)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• dep: python3

  interaktívny vysokoúrovňový objektovo orientovaný jazyk (predvolená verzia python3)

  dep: python3 (>= 3~)

• dep: python3-setuptools

  Python 3 - rozšírenia Distutils

• dep: racon

  consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: spades

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• rec: unicycler-data

  hybrid assembly pipeline for bacterial genomes (data package)

Stiahnuť unicycler

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	852.3 kB	3,429.0 kB	[zoznam súborov]