Pakiet: miniasm (0.3+dfsg-4)

[ Pakiet źródłowy: miniasm  ]

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, science::calculation, Przeznaczenie: Obliczanie, use::comparing, works-with::biological-sequence

Inne pakiety związane z miniasm

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: minimap

  Narzędzie do przybliżonego mapowania długich biosekwencji, takich jak odczyty DNA

Pobieranie miniasm

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
i386	31,2 KiB	78,0 KiB	[lista plików]