パッケージ: macs (3.0.2-1)

[ ソース: macs  ]

Model-based Analysis of ChIP-Seq on short reads sequencers

MACS empirically models the length of the sequenced ChIP fragments, which tends to be shorter than sonication or library construction size estimates, and uses it to improve the spatial resolution of predicted binding sites. MACS also uses a dynamic Poisson distribution to effectively capture local biases in the genome sequence, allowing for more sensitive and robust prediction. MACS compares favorably to existing ChIP-Seq peak-finding algorithms, is publicly available open source, and can be used for ChIP-Seq with or without control samples.

その他の macs 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-cykhash

  cython wrapper for khash-sets/maps, efficient implementation of isin and unique

• dep: python3-hmmlearn

  unsupervised learning and inference of Hidden Markov Models

• dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0)

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-numpy-abi9

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: python3-numpy

• dep: python3-scipy

  scientific tools for Python 3

• dep: python3-sklearn

  Python modules for machine learning and data mining - Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf 以外]

  圧縮ライブラリ - ランタイム

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf]

macs のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	3,030.8 kB	8,209.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2,776.8 kB	8,056.0 kB	[ファイル一覧]
armel	2,773.1 kB	7,528.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	2,831.6 kB	5,936.0 kB	[ファイル一覧]
i386	3,013.4 kB	8,748.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2,918.0 kB	9,848.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	3,044.2 kB	6,544.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	2,890.0 kB	8,266.0 kB	[ファイル一覧]