パッケージ: libbifrost0 (1.3.1-1 など)

[ ソース: bifrost  ]

library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Libbifrost is the shared library for the command-line tool bifrost for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

その他の libbifrost0 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34) [arm64 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el, riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64 以外]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

libbifrost0 のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	1.3.1-1	417.9 kB	1,436.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.3.1-1+b1	384.9 kB	1,325.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.3.1-1	350.8 kB	1,504.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.3.1-1	435.0 kB	1,644.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.3.1-1	424.2 kB	1,128.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.3.1-1	430.1 kB	1,524.0 kB	[ファイル一覧]