Paquet : libbifrost0 (1.3.1-1 et autres)

[ Paquet source : bifrost  ]

library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Libbifrost is the shared library for the command-line tool bifrost for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Autres paquets associés à libbifrost0

• dep: libc6 (>= 2.34) [non arm64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el, riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non arm64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger libbifrost0

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1.3.1-1	417,9 ko	1 436,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.3.1-1+b1	384,9 ko	1 325,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.3.1-1	350,8 ko	1 504,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.3.1-1	435,0 ko	1 644,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.3.1-1	424,2 ko	1 128,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.3.1-1	430,1 ko	1 524,0 ko	[liste des fichiers]