パッケージ: flye (2.9.5+dfsg-1)

[ ソース: flye  ]

de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs

Flye is a de novo assembler for single molecule sequencing reads, such as those produced by PacBio and Oxford Nanopore Technologies. It is designed for a wide range of datasets, from small bacterial projects to large mammalian-scale assemblies. The package represents a complete pipeline: it takes raw PacBio / ONT reads as input and outputs polished contigs. Flye also has a special mode for metagenome assembly.

その他の flye 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [riscv64 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: minimap2

  versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-six

  Python 2 and 3 compatibility library

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

flye のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	22,656.8 kB	36,930.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	22,576.4 kB	36,729.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	22,574.7 kB	37,033.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	22,648.1 kB	37,113.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	22,636.1 kB	36,481.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	22,685.9 kB	37,085.0 kB	[ファイル一覧]