[ ソース: flye ]
パッケージ: flye (2.9.5+dfsg-1)
de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs
Flye is a de novo assembler for single molecule sequencing reads, such as those produced by PacBio and Oxford Nanopore Technologies. It is designed for a wide range of datasets, from small bacterial projects to large mammalian-scale assemblies. The package represents a complete pipeline: it takes raw PacBio / ONT reads as input and outputs polished contigs. Flye also has a special mode for metagenome assembly.
その他の flye 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.38)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [riscv64 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
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- dep: libstdc++6 (>= 14)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: minimap2
- versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: python3-six
- Python 2 and 3 compatibility library
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- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
flye のダウンロード
アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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amd64 | 22,656.8 kB | 36,930.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 22,576.4 kB | 36,729.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 22,574.7 kB | 37,033.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 22,648.1 kB | 37,113.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 | 22,636.1 kB | 36,481.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 22,685.9 kB | 37,085.0 kB | [ファイル一覧] |