パッケージ: bwa (0.7.18-1)

[ ソース: bwa  ]

Burrows-Wheeler Aligner

BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome. It consists of three algorithms: BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM. The first algorithm is designed for Illumina sequence reads up to 100bp, while the rest two for longer sequences ranged from 70bp to 1Mbp. BWA-MEM and BWA-SW share similar features such as long-read support and split alignment, but BWA-MEM, which is the latest, is generally recommended for high-quality queries as it is faster and more accurate. BWA-MEM also has better performance than BWA-backtrack for 70-100bp Illumina reads.

タグ: 生物学: タンパク質, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, ユーザインタフェース: コマンドライン, interface::text-mode, role::program, 目的: 解析, 比較

その他の bwa 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf 以外]

  圧縮ライブラリ - ランタイム

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf]

• rec: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

bwa のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	206.9 kB	459.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	193.6 kB	447.0 kB	[ファイル一覧]
armel	194.1 kB	438.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	193.3 kB	326.0 kB	[ファイル一覧]
i386	231.1 kB	522.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	204.7 kB	526.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	230.2 kB	575.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	214.6 kB	375.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	222.8 kB	511.0 kB	[ファイル一覧]