パッケージ: libvcflib-tools (1.0.2+dfsg-2)

[ ソース: libvcflib  ]

C++ library for parsing and manipulating VCF files (tools)

The Variant Call Format (VCF) is a flat-file, tab-delimited textual format intended to concisely describe reference-indexed variations between individuals. VCF provides a common interchange format for the description of variation in individuals and populations of samples, and has become the defacto standard reporting format for a wide array of genomic variant detectors.

vcflib provides methods to manipulate and interpret sequence variation as it can be described by VCF. It is both:

 * an API for parsing and operating on records of genomic variation as it can
   be described by the VCF format,
 * and a collection of command-line utilities for executing complex
   manipulations on VCF files.

This package contains several tools using the library.

その他の libvcflib-tools 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f+dfsg-5~) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

  dep: libfastahack0 (>= 1.0.0+dfsg) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el 以外]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, ppc64el 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libsmithwaterman0 (>= 0.0+git20160702.2610e25)

  determine similar regions between two strings or genomic sequences (lib)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [armel, armhf 以外]

• dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0)

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libvcflib1 (>= 1.0.2+dfsg)

  C++ library for parsing and manipulating VCF files

• dep: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

• dep: r-base-core

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-gridbase

  GNU R Integration of base and grid graphics

• dep: r-cran-plyr

  tools for splitting, applying and combining data

• sug: r-cran-pracma

  practical numerical math functions for GNU R

libvcflib-tools のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	703.5 kB	4,707.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	641.8 kB	4,099.0 kB	[ファイル一覧]
armel	604.0 kB	3,654.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	624.0 kB	2,950.0 kB	[ファイル一覧]
i386	741.8 kB	4,758.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	633.4 kB	4,721.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	639.3 kB	4,453.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	703.5 kB	7,435.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	647.7 kB	4,471.0 kB	[ファイル一覧]