Package: libbio-db-hts-perl (3.01-5)

[ Source: libbio-db-hts-perl  ]

interfaccia Perl alla libreria HTS

HTSlib è un'implementazione di una libreria C unificata per l'accesso a formati di file, come SAM (Sequence Alignment/Map), CRAM e VCF (Variant Call Format), comunemente usati per dati di sequenziamento ad alte prestazioni ed è la libreria principale utilizzata da samtools e bcftools. HTSlib dipende solamente da zlib. È noto che è compatibile con gcc, g++ e clang.

HTSlib implementa un indice BAM (SAM binario) generalizzato con estensione di file "csi" (coordinate-sorted index). Questo lettore di file HTSlib cerca prima il nuovo indice e poi il vecchio, se quello nuovo è assente.

Questo pacchetto fornisce un'interfaccia Perl alla libreria HTS.

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