Package: ugene (51.0+dfsg-3)

[ Source: ugene  ]

toolkit integrato per bioinformatica

Unipro UGENE è un ambiente visuale multipiattaforma per analisi di sequenze di DNA e proteine. UGENE integra i più importanti algoritmi di calcolo per bioinformatica e fornisce una GUI facile da usare per effettuare analisi complesse dei dati genomici. Una delle funzionalità principali di UGENE è uno strumento di progettazione per flussi di lavoro personalizzati per bioinformatica.

Other Packages Related to ugene

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgl1

  libreria di dispatch GL indipendente dal produttore -- vecchia gestione GL

• dep: libglu1-mesa

  libreria Mesa OpenGL Utility (GLU)

  or libglu1

  virtual package provided by libglu1-mesa

• dep: libqt5core5t64 (>= 5.15.1)

  modulo principale di Qt 5

• dep: libqt5gui5t64 (>= 5.14.1)

  modulo GUI di Qt 5

  or libqt5gui5-gles (>= 5.14.1)

  modulo GUI di Qt 5 — variante OpenGL ES

• dep: libqt5network5t64 (>= 5.15.1)

  modulo di rete di Qt 5

• dep: libqt5networkauth5 (>= 5.11.2)

  accesso ad account online per applicazioni Qt - libreria

• dep: libqt5printsupport5t64 (>= 5.0.2)

  modulo Qt 5 per la gestione della stampa

• dep: libqt5script5 (>= 5.6.0~beta)

  modulo per script di Qt 5

• dep: libqt5scripttools5 (>= 5.6.0~beta)

  modulo di strumenti per script di Qt 5

• dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)

  modulo SVG di Qt 5

• dep: libqt5test5t64 (>= 5.6.0~beta)

  modulo per test di Qt 5

• dep: libqt5websockets5 (>= 5.6.0)

  modulo Web Sockets di Qt 5

• dep: libqt5widgets5t64 (>= 5.15.1)

  modulo per widgets di Qt 5

• dep: libqt5xml5t64 (>= 5.1.0)

  modulo XML di Qt 5

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.7.11)

  libreria condivisa SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: libx11-6

  libreria X11 lato client

• dep: libxtst6 (>= 2:1.2.5)

  X11 Testing -- libreria per estensione Record

• dep: ugene-data

  dati necessari per UGENE - toolkit integrato per bioinformatica

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  libreria di compressione - runtime

• rec: bedtools

  suite di utilità per confrontare tratti genomici

• rec: bowtie

  allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente in termini di memoria

• rec: bowtie2

  allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• rec: clark

  Package not available

• rec: clustalo

  programma generico di allineamento di sequenze multiple per proteine

• rec: clustalw

  allineamento globale per sequenze multiple di nucleotidi o peptidi

• rec: cutadapt

  pulisce sequenze biologiche provenienti da letture di sequenziamento ad alte prestazioni

• rec: default-jre-headless

  runtime Java standard o compatibile (headless)

• rec: fastqc

  controllo di qualità per elevati flussi di dati di sequenze

• rec: hisat2

  allineamento basato su grafi di letture corte di nucleotidi verso molti genomi

• rec: hmmer

  profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche

• rec: hmmer2

  profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche

• rec: kalign

  allineamenti multipli di sequenza globali e progressivi

• rec: kraken

  assegnazione di etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA

• rec: macs

  analisi basata su modelli di ChIP-Seq su sequenziatori di letture corte

• rec: mafft

  programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche

• rec: metaphlan2

  virtual package provided by metaphlan

• rec: mrbayes

  inferenza bayesiana per filogenetica

• rec: muscle

  programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche

• rec: ncbi-blast+

  suite di prossima generazione degli strumenti di ricerca di sequenze BLAST

• rec: phyml

  stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza

• rec: primer3

  strumento per progettare oligonucleotidi fiancheggianti per amplificazione di DNA

• rec: r-base

  sistema per calcoli e grafici statistici GNU R

• rec: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• rec: spades

  assemblatore di genomi per singola-cellula e insiemi di dati di isolati

• rec: t-coffee

  allineamento di sequenze multiple

• rec: trimmomatic

  strumento flessibile per il taglio di letture per i dati NGS di Illumina

• rec: vcftools

  raccolta di strumenti per lavorare con file VCF

• rec: wevote

  Package not available

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	18,283.7 kB	106,145.0 kB	[list of files]