パッケージ: ugene (51.0+dfsg-3)

[ ソース: ugene  ]

integrated bioinformatics toolkit

Unipro UGENE is a cross-platform visual environment for DNA and protein sequence analysis. UGENE integrates the most important bioinformatics computational algorithms and provides an easy-to-use GUI for performing complex analysis of the genomic data. One of the main features of UGENE is a designer for custom bioinformatics workflows.

その他の ugene 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgl1

  ベンダー中立な GL ディスパッチライブラリ -- 旧式 GL サポート

• dep: libglu1-mesa

  Mesa OpenGL ユーティリティライブラリ (GLU)

  または libglu1

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libglu1-mesa

• dep: libqt5core5t64 (>= 5.15.1)

  Qt 5 コアモジュール

• dep: libqt5gui5t64 (>= 5.14.1)

  Qt 5 GUI モジュール

  または libqt5gui5-gles (>= 5.14.1)

  Qt 5 GUI module — OpenGL ES variant

• dep: libqt5network5t64 (>= 5.15.1)

  Qt 5 ネットワークモジュール

• dep: libqt5networkauth5 (>= 5.11.2)

  online account access for Qt apps - Library

• dep: libqt5printsupport5t64 (>= 5.0.2)

  Qt 5 print support module

• dep: libqt5script5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 スクリプトモジュール

• dep: libqt5scripttools5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 script tools module

• dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 SVG モジュール

• dep: libqt5test5t64 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 test module

• dep: libqt5websockets5 (>= 5.6.0)

  Qt 5 Web Sockets module

• dep: libqt5widgets5t64 (>= 5.15.1)

  Qt 5 ウィジェットモジュール

• dep: libqt5xml5t64 (>= 5.1.0)

  Qt 5 XML モジュール

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.7.11)

  SQLite 3 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: libx11-6

  X11 クライアントサイドライブラリ

• dep: libxtst6 (>= 2:1.2.5)

  X11 のテスト -- Record 拡張ライブラリ

• dep: ugene-data

  required data for UGENE - integrated bioinformatics toolkit

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• rec: bedtools

  suite of utilities for comparing genomic features

• rec: bowtie

  Ultrafast memory-efficient short read aligner

• rec: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• rec: clark

  パッケージは利用できません

• rec: clustalo

  General-purpose multiple sequence alignment program for proteins

• rec: clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

• rec: cutadapt

  Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

• rec: default-jre-headless

  Standard Java or Java compatible Runtime (headless)

• rec: fastqc

  quality control for high throughput sequence data

• rec: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• rec: hmmer

  タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル

• rec: hmmer2

  タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル

• rec: kalign

  グローバルおよびプログレッシブ多重配列アライメント

• rec: kraken

  assigning taxonomic labels to short DNA sequences

• rec: macs

  Model-based Analysis of ChIP-Seq on short reads sequencers

• rec: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• rec: metaphlan2

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: metaphlan

• rec: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• rec: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• rec: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• rec: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• rec: primer3

  tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification

• rec: r-base

  GNU R 統計計算・グラフィックスシステム

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: spades

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

• rec: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

• rec: trimmomatic

  flexible read trimming tool for Illumina NGS data

• rec: vcftools

  Collection of tools to work with VCF files

• rec: wevote

  パッケージは利用できません

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

ugene のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
mips64el	18,283.7 kB	106,145.0 kB	[ファイル一覧]