Package: crac (2.5.2+dfsg-6 and others)

[ Source: crac  ]

analisi integrata di letture RNA-Seq

CRAC è uno strumento per analizzare dati da HTS (High Throughput Sequencing) in confronto a un genoma di riferimento. È pensato per letture di sequenziamento genomico e trascrittomico. Più precisamente, con letture trascrittomiche come input, predice mutazioni puntuali, indel, giunzioni di splice e RNA chimerici (cioè giunzioni di splice non collineari). CRAC può anche emettere in output posizioni e natura di errori di sequenze che rileva nelle letture. CRAC usa un indice del genoma. Questo indice deve essere calcolato prima di eseguire l'analisi della lettura. Per questo scopo, usare il comando "crac-index" sui file del genoma. Si può poi elaborare le letture usando il comando crac. Consultare la pagina man di CRAC (file della guida) scrivendo "man crac". CRAC richiede grandi quantità di memoria principale nel computer. Per elaborazioni del genoma umano, circa 50 milioni di letture di 100 nucleotidi ciascuna, CRAC richiede circa 40 gigabyte di memoria principale. Verificare che il sistema del server di calcolo in uso sia equipaggiato con sufficiente quantità di memoria prima di lanciare un'analisi.

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.5.2+dfsg-6	453.0 kB	2,270.0 kB	[list of files]
arm64	2.5.2+dfsg-6+b1	441.1 kB	2,307.0 kB	[list of files]
mips64el	2.5.2+dfsg-6+b1	472.7 kB	2,481.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.5.2+dfsg-6+b1	480.3 kB	2,436.0 kB	[list of files]
riscv64	2.5.2+dfsg-6+b1	466.2 kB	2,151.0 kB	[list of files]