Package: python3-presto (0.7.2-1)

[ Source: presto  ]

toolkit per elaborare sequenze di cellule B e T (modulo Python 3)

pRESTO è un toolkit per elaborare letture grezze da sequenziamento ad alte prestazioni di repertori di cellule B e cellule T.

Gli enormi miglioramenti nelle tecnologie di sequenziamento ad alte prestazioni permettono ora la caratterizzazione su larga scala di repertori di linfociti, definiti come raccolte di proteine antigene-recettore trans-membrana posizionate sulla superficie di cellule B e cellule T. pRESTO (REpertoire Sequencing TOolkit) è composto da una suite di utilità per gestire tutti gli stadi dell'elaborazione di sequenze prima dell'assegnazione di segmenti a linee germinali. pRESTO è progettato per gestire letture singole o a terminali accoppiati. Include funzionalità per controllo di qualità, mascheramento dei primer, annotazione delle letture con codici a barre incorporati nelle sequenze, generazione di sequenze di consenso UMI (Unique Molecular Identifier), assemblaggio di letture a terminali accoppiati e identificazione di sequenze duplicate. Sono incluse anche numerose opzioni per operazioni di ordinamento, campionamento e conversione delle sequenze.

Questo pacchetto fornisce il modulo Python 3 di presto.

Other Packages Related to python3-presto

• dep: cd-hit

  suite di programmi progettati per raggruppare velocemente sequenze

• dep: ncbi-blast+

  suite di prossima generazione degli strumenti di ricerca di sequenze BLAST

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-biopython

  libreria Python 3 per bioinformatica

• dep: python3-numpy

  veloce funzionalità per array per il linguaggio Python (Python 3)

• dep: python3-packaging

  utilità principali per pacchetti Python 3

• dep: python3-pandas

  strutture dati per dati "relazionali" o "etichettati"

• dep: python3-scipy

  strumenti scientifici per Python 3

• dep: vsearch

  strumento per elaborare sequenze metagenomiche

Download python3-presto

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
arm64	77.7 kB	513.0 kB	[list of files]