Package: r-cran-ape (5.8-1-1 and others)

[ Source: r-cran-ape  ]

pacchetto GNU R per analisi su filogenesi ed evoluzione

Questo pacchetto fornisce funzioni per leggere, scrivere, disegnare e manipolare alberi filogenetici, analisi di dati comparativi in un'infrastruttura filogenetica, analisi di caratteri ancestrali, analisi di diversificazione e macroevoluzione, calcoli di distanze da sequenze di DNA, lettura e scrittura di sequenze nucleotidiche oltre all'importazione da BioConductor e svariati strumenti come il test di Mantel, grafici skyline generalizzati, esplorazioni grafiche di dati filogenetici (alex, trex, kronoviz), stime di tassi evolutivi assoluti e alberi in stile orologio usando lunghezze di percorsi medi e verosimiglianza con penalità, traduzione di DNA in sequenze di AA e valutazione di allineamenti di sequenze. Le stime filogenetiche possono essere fatte con i metodi NJ, BIONJ, ME, MVR, SDM e triangolare e svariati metodi gestiscono matrici di distanze non complete (NJ*, BIONJ*, MVR* e il corrispondente metodo triangolare). Alcune funzioni chiamano applicazioni esterne (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle) i cui risultati vengono restituiti ad R.

Tags: Software Development: GNU R Development, Field: Statistics, Implemented in: GNU R

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	5.8-1-1	2,839.1 kB	3,485.0 kB	[list of files]
amd64	5.8-1-1	2,841.5 kB	3,450.0 kB	[list of files]
arm64	5.8-1-1	2,828.5 kB	3,486.0 kB	[list of files]
armel	5.8-1-1	2,826.2 kB	3,420.0 kB	[list of files]
armhf	5.8-1-1	2,820.9 kB	3,356.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	5.8-1-1+b1	2,836.0 kB	3,443.0 kB	[list of files]
i386	5.8-1-1	2,843.4 kB	3,447.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	5.7-1-1	2,841.9 kB	3,965.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	5.8-1-1	2,833.6 kB	3,484.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	5.8-1-1	2,818.0 kB	3,386.0 kB	[list of files]
mips64el	5.8-1-1	2,830.1 kB	3,501.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	5.8-1-1	2,849.2 kB	3,555.0 kB	[list of files]
ppc64el	5.8-1-1	2,848.1 kB	3,550.0 kB	[list of files]
riscv64	5.8-1-1	2,840.0 kB	3,386.0 kB	[list of files]
s390x	5.8-1-1	2,849.1 kB	3,478.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	5.8-1-1	2,851.3 kB	3,418.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	5.8-1-1	2,821.9 kB	4,199.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	5.8-1-1	2,840.1 kB	3,423.0 kB	[list of files]