Package: python3-dna-jellyfish (2.3.1-4 and others)

[ Source: jellyfish  ]

conta i k-meri in sequenze di DNA (collegamenti Python di jellyfish)

JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.

JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".

Questo pacchetto contiene i collegamenti Python di jellyfish.

Other Packages Related to python3-dna-jellyfish

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not hppa, ia64, loong64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64, riscv64]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.0) [ia64]

  conta i k-meri in sequenze di DNA (libreria dinamica di jellyfish)

  dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.1) [not ia64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not ia64]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

  dep: python3 (<< 3.10) [ia64]

  dep: python3 (<< 3.13) [hppa]

  dep: python3 (<< 3.14) [not hppa, ia64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [hppa]

  dep: python3 (>= 3.13~) [not hppa, ia64]

  dep: python3 (>= 3.9~) [ia64]

Download python3-dna-jellyfish

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.3.1-4+b1	55.7 kB	186.0 kB	[list of files]
arm64	2.3.1-4+b1	54.8 kB	239.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2.3.1-2+b1	74.2 kB	384.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.3.0-12	67.0 kB	280.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	2.3.1-4+b1	57.2 kB	238.0 kB	[list of files]
mips64el	2.3.1-4+b1	55.2 kB	245.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.3.1-4+b1	58.9 kB	239.0 kB	[list of files]
riscv64	2.3.1-4+b1	58.2 kB	171.0 kB	[list of files]