Пакунок: python3-dna-jellyfish (2.3.1-3 and others)

[ Source: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences (Python bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Python bindings of jellyfish.

Інші пакунки пов'язані з python3-dna-jellyfish

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not hppa, ia64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64, riscv64]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.0) [ia64]

  count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)

  dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.1) [not ia64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not ia64]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.10) [ia64]

  dep: python3 (<< 3.13) [not ia64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [hppa]

  dep: python3 (>= 3.12~) [not hppa, ia64]

  dep: python3 (>= 3.9~) [ia64]

Завантажити python3-dna-jellyfish

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	2.3.1-3+b6	55.6 kB	187.0 kB	[список файлів]
arm64	2.3.1-3+b6	54.8 kB	239.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	2.3.1-2+b1	74.2 kB	384.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	2.3.0-12	67.0 kB	280.0 kB	[список файлів]
mips64el	2.3.1-3+b6	54.2 kB	245.0 kB	[список файлів]
ppc64el	2.3.1-3+b6	58.9 kB	239.0 kB	[список файлів]
riscv64	2.3.1-3+b6	58.0 kB	167.0 kB	[список файлів]