Package: python3-dna-jellyfish (2.3.0-10)
Links for python3-dna-jellyfish
Debian Resources:
Download Source Package jellyfish:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Shaun Jackman (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Michael R. Crusoe (QA Page)
External Resources:
- Homepage [www.cbcb.umd.edu]
Similar packages:
conta i k-meri in sequenze di DNA (collegamenti Python di jellyfish)
JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.
JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".
Questo pacchetto contiene i collegamenti Python di jellyfish.
Other Packages Related to python3-dna-jellyfish
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- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386]
- libreria di supporto a GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
-
- dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.0)
- conta i k-meri in sequenze di DNA (libreria dinamica di jellyfish)
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]
- libreria GNU Standard C++, versione 3
- dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]
-
- dep: python3
- linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)
- dep: python3 (<< 3.10)
- dep: python3 (>= 3.9~)
Download python3-dna-jellyfish
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
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amd64 | 53.6 kB | 173.0 kB | [list of files] |
arm64 | 50.6 kB | 169.0 kB | [list of files] |
armel | 52.8 kB | 166.0 kB | [list of files] |
armhf | 53.4 kB | 138.0 kB | [list of files] |
i386 | 60.7 kB | 178.0 kB | [list of files] |
mips64el | 52.1 kB | 191.0 kB | [list of files] |
ppc64el | 56.4 kB | 237.0 kB | [list of files] |