Package: r-bioc-shortread (1.62.0-1)

[ Source: r-bioc-shortread  ]

classi e metodi GNU R per grosse moli di dati di sequenziamento short-read

Questo modulo BioConductor è un pacchetto per l'immissione, il controllo qualità, la manipolazione e l'emissione di grosse moli di dati di sequenziamento. ShortRead è fornito negli ambienti R e BioConductor, permettendo un pronto accesso alle funzionalità aggiuntive per l'analisi statistica avanzata, la trasformazione dei dati, la visualizzazione e l'integrazione con differenti risorse genomiche.

Other Packages Related to r-bioc-shortread

• dep: libc6 (>= 2.7)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

  funzioni base per Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  funzioni generiche per Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.38.0)

  funzionalità BioConductor per valutazione parallela

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  oggetti stringa di GNU R che rappresentano sequenze biologiche

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  utilità BioConductor per manipolare identificatori di cromosomi

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0)

  rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R

• dep: r-bioc-pwalign (>= 1.0.0-2~0exp1)

  Perform pairwise sequence alignments

• dep: r-bioc-rhtslib (>= 3.0.0)

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0)

  allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  implementazione di vettori e liste per BioConductor S4

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.44.0)

  rappresentazione e manipolazione di sequenze esterne per BioConductor

• dep: r-bioc-zlibbioc (>= 1.50.0)

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-hwriter

  HTML Writer - produce in output oggetti R in formato HTML

• dep: r-cran-lattice

  pacchetto GNU R per grafici "Trellis"

• dep: r-cran-latticeextra

  pacchetto GNU R per visualizzazioni grafiche aggiuntive basate su griglie

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

• sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-biomart (>= 2.60.1)

  interfaccia GNU R ai database BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase e Gramene)

• sug: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-runit

  pacchetto GNU R che fornisce un'infrastruttura per test di unità

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	5,088.5 kB	8,266.0 kB	[list of files]