Package: r-bioc-genomicranges (1.54.1+dfsg-1) [debports]

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rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor

La capacità di archiviare in modo efficiente le annotazioni e gli allineamenti genomici ha un ruolo centrale nell'analisi di dati di sequenziamento ad alte prestazioni (alias dati NGS). Il pacchetto definisce contenitori generici per archiviare intervalli genomici oltre a contenitori più specializzati per archiviare allineamenti rispetto ad un genoma di riferimento.

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  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.18

  Package not available

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• dep: r-bioc-iranges (>= 2.31.2)

  contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R

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• dep: r-bioc-xvector (>= 0.29.2)

  rappresentazione e manipolazione di sequenze esterne per BioConductor

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  oggetti stringa di GNU R che rappresentano sequenze biologiche

• sug: r-bioc-bsgenome

  infrastruttura BioConductor per pacchetti di dati genomici basati su Biostrings

• sug: r-bioc-dexseq

  GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq

• sug: r-bioc-edger

  analisi empiriche per dati digitali di espressione genica in R

• sug: r-bioc-genomicalignments

  rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle

• sug: r-bioc-gviz

  disegno di dati e informazioni di annotazioni vicino a coordinate genomiche

• sug: r-bioc-keggrest

  accesso REST lato client a KEGG per GNU R

• sug: r-bioc-rsamtools (>= 1.13.53)

  allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R

• sug: r-bioc-rtracklayer

  interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione

• sug: r-bioc-summarizedexperiment (>= 0.1.5)

  BioConductor assay container

• sug: r-bioc-variantannotation

  annotazione di varianti genetiche per BioConductor

• sug: r-cran-digest

  pacchetto GNU R per "hash digest" di strutture dati di R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-matrix

  pacchetto GNU R di classi per matrici dense e sparse

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-runit

  pacchetto GNU R che fornisce un'infrastruttura per test di unità

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
m68k (unofficial port)	1,781.8 kB	2,780.0 kB	[list of files]