Package: bali-phy (4.0-1)

[ Source: bali-phy  ]

inferenza baiesiana di allineamenti e filogenie

BAli-Phy (Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny) stima allineamenti multipli di sequenze e alberi evolutivi da sequenze di codoni, amminoacidi o DNA non allineato. BAli-Phy usa MCMC per stimare alberi evolutivi, selezione positiva e lunghezze dei rami mentre fa la media su allineamenti alternativi. BAli-Phy può visualizzare graficamente l'ambiguità degli allineamenti in un diagramma AU (alignment uncertainty).

BAli-Phy può anche stimare filogenie da un allineamento fisso (come MrBayes e BEAST) usando modelli di sostituzione come GTR+gamma. BAli-Phy stima automaticamente tassi relativi per ciascun gene.

Other Packages Related to bali-phy

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0)

  rappresentazione C++ di intervalli temporali, punti temporali e orologi

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  C++ containers and algorithms that implement JSON

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

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• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0)

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• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

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• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1)

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 7)

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• sug: figtree

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• sug: seaview

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