Package: exonerate (2.4.0-5 and others)

[ Source: exonerate  ]

strumento generico per il confronto di sequenze di coppie

Exonerate permette l'allineamento di sequenze tramite molti modelli di allineamento, usando una programmazione dinamica esaustiva o una varietà di euristiche. Molte delle funzionalità della suite di programmazione dinamica Wise sono state reimplementate in C per una migliore efficienza. Exonerate è un componente intrinseco della struttura dei database genomici Ensembl, che fornisce punteggi di somiglianza tra sequenze di RNA e di DNA e così determinando varianti di splicing e sequenze di codifica generali.

Un sistema di simulazione per esperimenti PCR In-silico (vedere la pagina man di ipcress) è fornito con exonerate.

Questo pacchetto contiene una selezione di utilità per effettuare velocemente semplici manipolazioni su file fasta oltre i 2 Gb.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::TODO, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to exonerate

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3) [not arm64]

  libreria GLib di routine in C

  dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.76.0) [arm64]

• sug: wise

  confronto tra biopolimeri, come DNA e sequenze proteiche

• enh: bioperl-run

  wrapper BioPerl: script

Download exonerate

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.4.0-5+b1	2,093.4 kB	11,018.0 kB	[list of files]
amd64	2.4.0-5+b1	1,917.3 kB	9,639.0 kB	[list of files]
arm64	2.4.0-5+b2	1,689.3 kB	10,035.0 kB	[list of files]
armel	2.4.0-5+b1	1,541.5 kB	9,362.0 kB	[list of files]
armhf	2.4.0-5+b1	1,622.2 kB	6,434.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2.4.0-5+b1	2,026.8 kB	9,361.0 kB	[list of files]
i386	2.4.0-5+b1	2,028.0 kB	10,410.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.4.0-5+b1	2,608.5 kB	22,832.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.4.0-5+b1	1,764.0 kB	9,098.0 kB	[list of files]
mips64el	2.4.0-5+b1	1,728.5 kB	11,371.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.4.0-5+b1	1,775.7 kB	12,787.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.4.0-5+b1	1,793.6 kB	12,595.0 kB	[list of files]
riscv64	2.4.0-5+b2	1,963.4 kB	8,123.0 kB	[list of files]
s390x	2.4.0-5+b1	2,233.5 kB	11,559.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	2.4.0-5+b1	2,336.3 kB	8,698.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.4.0-5+b1	1,673.3 kB	34,221.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.4.0-5+b1	1,878.4 kB	9,590.0 kB	[list of files]