Package: exonerate (2.4.0-5 and others)

[ Source: exonerate  ]

Herramienta genérica para comparar secuencias de pares

Exonerate le permite alinear las secuencias usando muchos modelos de alineamiento, ya sea utilizando programación dinámica exhaustiva, o con una gran variedad de heurística. Gran parte de las funcionalidades de la suite de programación dinámica Wise se re-implementaron en C para una mayor eficiencia. Exonerate es un componente intrínseco de la construcción de las bases de datos del genoma de Ensembl, proporcionando coeficientes de similitud entre las secuencias del ANR y el ADN, permitiendo así determinar las uniones variables y las secuencias de la codificación en general.

Hay un sistema de simulación de experimentos «In-silico PCR» (consulte la página man ipcress) empaquetado con exonerate.

Este paquete también incluye una selección de utilidades para realizar manipulaciones sencillas y de forma rápida con archivos FASTA de más de 2Gb.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::TODO, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to exonerate

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  Biblioteca de C de GNU: Bibliotecas compartidas
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteca de C de GNU: Bibliotecas compartidas
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3) [not arm64]

  biblioteca GLib de rutinas C

  dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.76.0) [arm64]

• sug: wise

  comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences

• enh: bioperl-run

  BioPerl wrappers: scripts

Download exonerate

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.4.0-5+b1	2,093.4 kB	11,018.0 kB	[list of files]
amd64	2.4.0-5+b1	1,917.3 kB	9,639.0 kB	[list of files]
arm64	2.4.0-5+b2	1,689.3 kB	10,035.0 kB	[list of files]
armel	2.4.0-5+b1	1,541.5 kB	9,362.0 kB	[list of files]
armhf	2.4.0-5+b1	1,622.2 kB	6,434.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2.4.0-5+b1	2,026.8 kB	9,361.0 kB	[list of files]
i386	2.4.0-5+b1	2,028.0 kB	10,410.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.4.0-5+b1	2,608.5 kB	22,832.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.4.0-5+b1	1,764.0 kB	9,098.0 kB	[list of files]
mips64el	2.4.0-5+b1	1,728.5 kB	11,371.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.4.0-5+b1	1,775.7 kB	12,787.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.4.0-5+b1	1,793.6 kB	12,595.0 kB	[list of files]
riscv64	2.4.0-5+b2	1,963.4 kB	8,123.0 kB	[list of files]
s390x	2.4.0-5+b1	2,233.5 kB	11,559.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	2.4.0-5+b1	2,336.3 kB	8,698.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.4.0-5+b1	1,673.3 kB	34,221.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.4.0-5+b1	1,878.4 kB	9,590.0 kB	[list of files]