Package: atac (0~20150903+r2013-9 and others)

[ Source: kmer  ]

confronto di genomi assemblaggio-verso-assemblaggio

atac calcola un allineamento uno-a-uno per coppie di grandi sequenze di DNA. Prima trova i k-meri unici in ciascuna sequenza, li concatena in blocchi più grandi e riempie gli spazi tra i blocchi. È stato scritto principalmente per trasferire annotazioni tra diversi assemblaggi del genoma umano.

L'output è un insieme di "corrispondenze" senza interruzioni e un insieme di "successioni" con interruzioni formate dalle corrispondenze. Ciascuna corrispondenza o successione associa una sequenza con l'altra sequenza. L'associazione è "unica" nel senso che non ci sono altre associazioni (di dimensioni considerevoli) per l'una o l'altra sequenza. Perciò, grandi ripetizioni e duplicazioni non sono presenti nell'output, appaiono come regioni non mappate.

Sebbene l'output sia sempre a coppie, atac può tenere in cache i risultati intermedi per velocizzare il confronto di sequenze multiple.

Questo pacchetto fa parte della suite Kmer.

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• rec: kmer-examples

  dati d'esempio per l'insieme kmer di strumenti per l'analisi di sequenze di DNA

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0~20150903+r2013-9+b1	396.3 kB	3,504.0 kB	[list of files]
amd64	0~20150903+r2013-9+b1	378.8 kB	2,789.0 kB	[list of files]
arm64	0~20150903+r2013-9+b1	357.9 kB	3,361.0 kB	[list of files]
armel	0~20150903+r2013-9+b1	348.6 kB	3,275.0 kB	[list of files]
armhf	0~20150903+r2013-9+b1	346.3 kB	2,827.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0~20150903+r2013-9+b1	462.2 kB	3,012.0 kB	[list of files]
i386	0~20150903+r2013-9+b1	402.5 kB	2,995.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0~20150903+r2013-8+b3	511.8 kB	4,444.0 kB	[list of files]
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riscv64	0~20150903+r2013-9+b1	406.3 kB	2,461.0 kB	[list of files]
s390x	0~20150903+r2013-9+b1	341.8 kB	2,740.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0~20150903+r2013-9+b1	456.3 kB	3,403.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0~20150903+r2013-9+b1	358.6 kB	23,362.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0~20150903+r2013-9+b1	384.0 kB	2,731.0 kB	[list of files]