Pakiet: atac (0~20150903+r2013-9 i inne)

[ Pakiet źródłowy: kmer  ]

genome assembly-to-assembly comparison

atac computes a one-to-one pairwise alignment of large DNA sequences. It first finds the unique k-mers in each sequence, chains them to larger blocks, and fills in spaces between blocks. It was written primarily to transfer annotations between different assemblies of the human genome.

The output is a set of ungapped 'matches', and a set of gapped 'runs' formed from the matches. Each match or run associates one sequence with the other sequence. The association is 'unique', in that there is no other (sizeable) associations for either sequence. Thus, large repeats and duplications are not present in the output - they appear as unmapped regions.

Though the output is always pairwise, atac can cache intermediate results to speed a comparisons of multiple sequences.

This package is part of the Kmer suite.

Inne pakiety związane z atac

• dep: gnuplot

  Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: leaff

  biological sequence library utilities and applications

• dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libfile-which-perl

  Perl module for searching paths for executable programs

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: meryl

  in- and out-of-core kmer counting and utilities

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

  dep: python3 (<< 3.12) [ia64]

  dep: python3 (<< 3.13) [nie ia64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.12~) [nie ia64]

• dep: python3.11 [ia64]

  Interactive high-level object-oriented language (version 3.11)

• dep: python3.12 [nie ia64]

  Interaktywny język obiektowy wysokiego poziomu (wersja 3.12)

• rec: kmer-examples

  sample data for kmer suite of tools for DNA sequence analysis

Pobieranie atac

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-9	395,7 KiB	3 503,0 KiB	[lista plików]
amd64	0~20150903+r2013-9	377,4 KiB	2 788,0 KiB	[lista plików]
arm64	0~20150903+r2013-9	357,5 KiB	3 360,0 KiB	[lista plików]
armel	0~20150903+r2013-9	349,3 KiB	2 514,0 KiB	[lista plików]
armhf	0~20150903+r2013-9	345,0 KiB	2 102,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-9	463,8 KiB	3 011,0 KiB	[lista plików]
i386	0~20150903+r2013-9	401,8 KiB	2 994,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-8+b3	511,8 KiB	4 444,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-9	406,3 KiB	2 906,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0~20150903+r2013-9	389,9 KiB	3 663,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-9	393,2 KiB	3 808,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0~20150903+r2013-9	405,5 KiB	3 808,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0~20150903+r2013-9	406,7 KiB	2 460,0 KiB	[lista plików]
s390x	0~20150903+r2013-9	340,5 KiB	2 739,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-9	456,1 KiB	3 402,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-9	358,2 KiB	23 361,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-9	383,5 KiB	2 730,0 KiB	[lista plików]